微生物对农药的作用方式是多种多样的，从作用结果看，可分为以下几种类型：

　　去毒作用：农药被微生物作用后变有毒为无毒。农药经微生物酶的作用除去了毒性基团。降解作用：将复杂的化合物转变为简单的化合物，或者彻底分解成二氧化碳和水，有时为氨和氯根。如果完全被分解成无机化合物，即称为农药的矿化。在这一类型中，农药可作为微生物的碳源或能源，或者是农药分子的一部分易于被微生物利用。

　　活化作用;将无毒的物质转化为有毒的农药。一系列商品制剂，如除草剂2，4~D丁酸和杀虫剂甲拌磷是经土壤中微生物作用后的代谢产物，对杂草及昆虫发生毒害作用。失去活化性：本来一个无毒有机物分子，在酶活化下可以成为有毒的农药，但是，有的微生物能将这样的分子转化为另一无毒分子，它不再被活化为农药。

　　结合、复合或加成作用;微生物的细胞代谢产物与农药结合，形成更复杂的物质，如将氨基酸、有机酸、甲基或者其他基团加在作用底物上。这些过程也常常是解毒作用。改变毒性谱：某些农药对一类有机体有毒，但是，它们被微生物代谢后，得到的产物却抑制完全不同的另一类有机体。杀菌剂五氯苯醇在土壤中转化为除草剂氯苯酸就是一例。

　　微生物降解研究得很多，也较仔细。一般采用稀释液不断地通过团粒状土柱循环渗漏的方法来证明。

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